Tutoriel LAPP-LAPTH

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Contents

Les machines lappsl/lapthsl

Pour pouvoir commencer à utiliser MUST, il est nécessaire de se connecter aux machines lappsl/lapthsl.

>> Pour accéder aux machines lappsl/lapthsl, il suffit d'avoir un compte informatique au LAPP ou au LAPTH.

Ferme de calcul

Infrastructure

Sont désignées par WN (Worker Node) les machines composant la ferme de calcul, chacune étant équipée de plusieurs processeurs eux-mêmes incluant plusieurs coeurs (cores).

1 job (calcul) simple utilise alors l'équivalent d'1 coeur.

Une UI (User Interface) est une machine à partir de laquelle un utilisateur accède à la ferme de calcul : les machines lappsl et lapthsl sont des UI.

Organisation des zones de travail

Si besoin des logiciels spécifiques peuvent être installés (Mathematica, Abaqus,...) sous réserve d'accès à un serveur de jetons/licences propres au laboratoire demandant.

Chaque job soumis sur un WN dispose également d'environ 15 Go d'espace disque dédié sur le WN ainsi qu'un coeur (2 Go RAM) dédié.

Les compilateurs et librairies MPI sont installés sur le cluster : un job peut demander de 2 à 32 processeurs maximum.

Pour plus de précisions, vous pouvez contacter l'équipe du support MUST

Tutoriel - exemples de soumission de jobs

Tous les jobs proposés dans les exercices sont soumis avec l'option -q flash. Cette option est réservée pour des jobs courts (<5 mn et maxi 4 coeurs) de test et de debugage et ne doit en aucun cas être utilisée de façon standard.

>>> ATTENTION

It is not possible to access your home directory (/home1 or /home3) from computation machine
If you have created a symbolic link to /lapp_data from your home directory it will not be possible to use this link in your batch job.
Always submit your jobs from your /lapp_data/... working directory
If you specify an output file name in qsub command (-e,-o option), this file must be in your /lapp_data/... working directory


Exemples

Copiez le répertoire /lapp_data/calcul/supap/tuto_UdS dans votre zone de travail sur lapp_data
Editez le fichier setup_batch et modifier le paramètre LAPP_APP_SHARED (ligne 4) de sorte à ce qu'il spécifie une zone scratch sur lapp_data

Organisation des répertoires

Soumettre un job, signifie executer un script/executable sur un WN :

  • CPU : le CPU utilisé est celui du WN (2Gb/WN)
  • espace disque : il est possible de travailler dans ses répertoires personnels ainsi que sur le disque attaché au WN
  • espace disque software : cet espace est accessible en lecture

Exercices 1 et 2

Gestion des jobs

Les commandes de monitoring/gestion des jobs depuis la machine lappuds2 sont :

  • showq  : visualisation de la liste des jobs qui tournent sur la ferme MUST ( -r running, -i idle, -b blocked )
  • diagnose  : visualisation des priorités

Exercice 3

Execution d'un job : disque local / WN

Disque local WN
- vous pouvez visualiser les fichiers résultats en temps réel - vous ne pouvez pas visualiser les fichiers résultats en temps réel
- lenteur si vous faites beaucoup d'I/O - plus rapide si vous faites beaucoup d'I/O
 : ne pas modifier/effacer les répertoires pendant que le job tourne  : ne pas oublier de récupérer ses fichiers résultats en fin de job, ils seront effacés du WN et non récupérables une fois le job fini.

Exercice 4

Paramétrage des jobs (voir les exercices)

  • comment passer des valeurs de paramètres via l'option -v de qsub.
  • comment éviter que deux jobs n'écrivent dans un même répertoire et/ou un même fichier

Exercice 5

Lancement de Mathematica

  • comment faire des calculs sur MUST avec Mathematica

Exercice 6

Personal tools