IRODS

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Contents

Présentation générale

Une présentation d'iRODS sur MUST a été faite en séance ouverte du comité de pilotage MUST de décembre 2017 : Service de gestion de données iRODS

Service iRODS

Comment obtenir un compte sur le service iRODS

Vous devez tout d'abord posséder un compte MUST puis demander un accès au service iRODS au support MUST

Paramètres du service iRods de MUST

  • la zone s'appelle mustZone
  • la ressource par défaut est mustResc
  • le serveur est lapp-irods.in2p3.fr
  • le port est 1247

Configuration de votre environnement sur les serveurs lappudsX (X = 1 ou 3) et lappusmb7a.in2p3.fr

Connectez-vous avec vos identifiants MUST par ssh sur un serveur lappudsX ou lappusmb7a.

Dans votre zone /univ_home/votre_login, sous le dossier .irods, vous devez créer un fichier irods_environment.json qui doit ressembler à :

{
    "irods_host": "lapp-irods.in2p3.fr",
    "irods_port": 1247,
    "irods_user_name": "votre_login",
    "irods_zone_name": "mustZone",
    "irods_home": "/mustZone/votre_labo",
    "irods_cwd": "/mustZone/votre_labo",
    "irods_authentication_scheme": "PAM"
}

Le fichier peut être créé initialement par la commande iinit mais, dans tous les cas, les 3 dernières lignes doit être ajoutées manuellement.

Vous devez configurer le répertoire de travail par défaut sur la collection de votre laboratoire sur laquelle vous avez un quota suffisant (paramètres irods_home et irods_cwd)

Votre mot de passe est celui de votre compte MUST.

Quelques commandes iRODS de base pour tester rapidement

Sur les serveurs lappudsX et lappusmb7a, les commandes clientes iRods sont disponibles :

* iinit : pour initialiser votre environnement et saisir votre mot de passe de session
* ils  : pour voir la liste des objets (équivalent fichiers Linux) et collections (équivalent dossiers Linux)
* iput : pour déposer un objet (avec l'option "-P" pour suivre l'avancement)
* iget : pour récupérer un objet
* imkdir : pour créer une collection
* icp : pour copier un objet déjà présent dans iRODS
* irm : pour supprimer un objet
* ipwd : pour voir le dossier en cours
* icd : pour changer de collection

Quelques commandes iRODS avancées

* ilsresc : liste des ressources et groupes de ressources iRODS
* imeta : pour manipuler les méta-données (ajout, suppression, copie, liste, requête ...)
* imiscsvrinfo : informations basiques sur la configuration du serveur
* iuserinfo : informations sur votre compte utilisateur iRODS

Aide sur les commandes iRODS utilisateur

Voir le site officiel : https://docs.irods.org/4.2.1/icommands/user/

Client iRODS FUSE pour accès via les commandes Linux

Le client iRODS FUSE installé sur les serveurs lappudsX et lappusmb7a vous permet d'accéder à votre collection iRODS comme à un système de fichiers Linux par des commandes (ls, cd, cp, ...) et appels système (open, read, write, ...) Linux classiques.

Pour pouvoir l'utiliser, il faut tout d'abord initialiser votre environnement puis faire un montage de votre collection iRODS sur le dossier de votre choix (préalablement créé) :

# Initialisation d'iRODS 
iinit

# Création du dossier souhaité pour le montage (si besoin)
mkdir mon_dossier_local

# Montage
irodsFs mon_dossier_local

# Visualisation du contenu
ls mon_dossier_local

# Démontage
fusermount -u mon_dossier_local

Connexion depuis une autre machine Linux

Vous devez installer le package client iCommands pour disposer des commandes du client iRods.

Client pour WINDOWS/MAC

Vous pouvez utiliser CYBERDUCK pour windows : https://cyberduck.io/ : il faut configurer un signet en suivant cette procédure cf: https://irods.org/2015/09/howtocyberduck/

: Pour utiliser votre mot de passe MUST, vous devez ajouter <key>Authorization</key><string>PAM</string> dans votre fichier de configuration

Exemple de fichier de configuration pour Cyberduck ("signet") adapté pour MUST  :

D'autres interfaces client sont disponibles et listées à l'adresse https://irods.org/2015/12/update-irods-client-interfaces/

Client web

Un portail web a été installé, il est disponible à l'adresse https://lapp-iport.in2p3.fr:8443/irods-cloud-backend en se connectant avec ses identifiants MUST.

Il vous permet de : - consulter/créer/supprimer vos données - créer/supprimer des metadonnées sur vos données (suite à un bug, la modification des metadonnées n'est pas possible à ce jour)

API REST

L'API REST est disponible à l'adresse https://lapp-iport.in2p3.fr:8443/irods-rest en se connectant avec ses identifiants MUST.

Exemples d'utilisation :

- https://lapp-iport.in2p3.fr:8443/irods-rest/rest/server

- https://lapp-iport.in2p3.fr:8443/irods-rest/rest/collection/mustZone/home/login_MUST

La documentation correspondante est disponible à l'adresse https://github.com/DICE-UNC/irods-rest/blob/master/docs/iRODS_REST_API_Documentation.pdf

Forum Google sur iRODS

https://groups.google.com/forum/m/#!forum/iROD-Chat

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